Les établissements PNL sont caractérisés par une organisation interne très flexible.
Les directeurs jouissent d’une grande liberté, la seule obligation étant pour les établissements de santé, la mise en place de la Commission Médicale d’Établissement (CME).
Le pouvoir de décision appartient au Conseil d’Administration de l’établissement qui peut en déléguer l’exercice au Directeur Général.

Gestion des ressources humaines
Dans le Privé Non lucratif, les ressources humaines obéissent uniquement aux règles du droit privé :
->Une plus grande souplesse pour les mesures d’embauche, de valorisations, de sanctions, ou de licenciements, sous réserve du contrôle du juge judiciaire, garant du respect du droit du travail.
Le directeur de l’établissement a pleine autorité sur l’ensemble du personnel salarié, qu’il soit ou non médical.
->Une flexibilité qui favorise la recherche d’efficience dans les dépenses de personnel ainsi qu’une plus grande réactivité aux mutations de l’environnement et aux défis de la mobilisation des équipes.

Gestion des achats
L’acte d’achat des établissements PNL est encadré par des règles spécifiques d’origine communautaire moins formelles que celles du Code des marchés publics, qui permet plus de réactivité dans les investissements.

Gestion financière 
Les circuits de réalisation des opérations de construction et d’équipement sont raccourcis

• favorise la constante adaptation du parc immobilier des établissements.

Les établissements PNL sont tenus à une gestion équilibrée :

• présentation d’un bilan en équilibre
• réformes de structure pour remplir cette exigence.